2005年（平成17年）から新潟県で作付けされるコシヒカリのほとんどが、コシヒカリBLである。
コシヒカリはいもち病に弱いため、新潟県が15年をかけていもち病に強い品種として開発。まず、いもち病に強い品種と自然交配させ、その子供とコシヒカリを何代にもわたり交配させることで元々のコシヒカリとほぼ同じまでに近づけた（連続戻し交配法）。いもち病に強いことから農薬散布量を減らすことができ、環境にもやさしいと考えられている。自然交配によるので、遺伝子組み換え作物のような心配はない。ただ、交配により誕生したものなので、厳密には従来のコシヒカリとは別の品種である。
また、新潟県産のコシヒカリは高価格であることから、他県産のコシヒカリなどを新潟産と偽装することが後を絶たなかった。新潟県の農家のみにコシヒカリBLの種籾を販売することで、遺伝子検査により他県産のものか判別できることになる。
味は、東京で行ったモニター調査では従来のコシヒカリよりおいしいかほぼ同じであるという意見が約8割であった。日本穀物検定協会の食味ランキングでも、従来のコシヒカリと同じ「特Ａ」である。しかし、実際に販売してから、従来のものとはかなり異なると感じる人もいるようである。
玄米段階での紙袋表示は、銘柄名は「コシヒカリ」、品種名は「コシヒカリBL」である。しかし、精米表示における品種欄には「コシヒカリ」と表示されるため、一般の消費者が購入の際に判別することはできない。
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